V NP Komodo se střetává studená hlubinná voda pocházející z Antarktidy, bohatá na živiny, s Floreským mořem přinášejícím teplé tropické vody. Tento jev nabízí bohatý podmořský život.
Podmořský svět zde zabírá dvě třetiny rozlohy Komodského NP a je plný rozmanitých korálových útesů, kde je možné pozorovat žraloky spanilé, útesové, kobercové, černoloutvé a mačky korálové, manty atlantské, siby, mořské želvy, obrovské kanice, napoleony, ploskozubce, tuňáky, delfíny a mnoho jiných velkých zvířat. Na své si přijdou i milovníci malých, drobných živočichů, nahožabrých, krevetek, krabíků aj.
Moře je zde plné života, pestých korálů a zajímavých setkání.